一般来说引起儿童囟门凹陷的原因，主要包括以下几个方面。首先是由于儿童体内出现了脱水引起的症状，患有腹泻以后往往会引起大便次数的明显增多，从而出现脱水以及电解质紊乱的状况。
这个时候儿童不仅有囟门凹陷，还会有眼窝凹陷以及眼泪偏少、皮肤干燥、小便量明显减少等症状，需要及时口服补液盐来补充水分以及电解质。
其次是由于儿童患有气虚症状引起，如果儿童患有气虚也会出现囟门凹陷，往往还会有乏力、吃饭胃口不好甚至脱肛等症状，可以应用补中益气丸来处理。