发生于神经系统的自身免疫性的疾病有很多种。首先原发于中枢神经系统的疾病包括视神经脊髓炎、视神经脊髓炎谱系疾病、多发性硬化、同心圆性硬化等等。发生于周围神经系统的疾病包括格林-巴利综合征又称吉兰-巴雷综合征。
另外发生于神经肌肉接头处的自身免疫性疾病重症肌无力。现在把一些自身免疫性脑炎也纳入中枢神经系统自身免疫性疾病的种类。所以神经系统的自身免疫性的疾病有很多种。