桥本甲状腺炎和原发甲亢都属于自身免疫性甲状腺炎，不过桥本甲状腺炎相对原发甲亢进展更慢，它好发于女性，一般病程数十年。
在数十年的自然病程中，自身免疫性细胞攻击甲状腺的细胞，导致储存在甲状腺滤泡细胞中的甲状腺激素释放出来，导致体内甲状腺激素过多，是一个临时性的甲亢，这就是桥本甲亢。
随着甲状腺滤泡细胞的破坏，释放甲状腺激素逐渐减少，细胞破坏越多，正常的甲状腺细胞越少，甲亢就会慢慢恢复正常。所以相对来说桥本甲亢没有甲亢严重，因为它是自限性的，不用治疗自己就会慢慢好转。