动眼神经麻痹的治疗，要针对引起段神经麻痹的原因给予治疗。临床上可以见于脑血管疾病导致的，比如动眼神经核受损之后，病人可以出现动眼神经麻痹。动眼神经核位于脑干，病人出现断神经核受损之后，表现为上眼睑不能抬起、眼睛不能内收等。
经过头部CT或核磁的检查，发现脑干出血或缺血，要针对于脑血管疾病给予病人治疗。动眼神经麻痹可以见于痛性的眼肌麻痹及糖尿病引起的动眼神经麻痹，又称周围性的动眼神经麻痹。
治疗的急性期可以给予病人激素，减轻动眼神经的水肿，给予促进营养神经的药物，比如甲钴胺或维生素B12，过了急性期可以给予病人针灸等治疗。