生理期同房最直接的后果，是使女性患有炎症的几率增加，也会对男性产生一定程度上的损伤。
首先生理期是女性子宫内膜脱落的时期，在此时进行性生活，有可能导致女性的子宫内膜受到创伤，从而使炎症的感染几率增加。其次女性月经期间身体的免疫力会下降，身体素质减弱，从而容易导致炎症的感染，例如子宫内膜炎、附件炎等。然后男性的生殖器官可能将细菌带入阴道内，细菌容易滋生，男女之间进行交叉感染，从而给双方带来不必要的麻烦，避孕套虽然会减少细菌的感染，但只是相对男性而言，对于女性没有任何的保护。最好同房时女性发生性兴奋，子宫收缩导致经血逆流，还会引起子宫内膜异位症。