腰穿后最常见的并发症就是腰穿后头痛，产生的原因主要是由于腰穿放出脑脊液后颅内血管扩张、静脉被牵拉而引起的现象，还有由于脑脊液放出过多造成颅内低压，产生原因是有上下神经感觉支配的脑膜或者血管组织牵拉，而引起的头痛。
其它并发症包括腰背部疼痛、神经根痛，产生的原因是由于穿刺造成局部组织损伤形成，还包括脑疝，由于穿刺放出脑脊液过多，颅腔以椎管之间形成压力差，出现脑疝的形成，所以这种为了预防脑疝形成，要穿刺术后去枕平卧24小时，严密观察病情，其它并发症也包括出血、感染等等。