脑静脉血栓的危害极大，甚至会直接危及生命。出现脑静脉的血栓后，由于脑部的静脉回流受阻，导致颅内静脉内压力增高，会导致脑的组织水肿、脑部出血、颅压增高，甚至会出现脑疝等情况，直接危及生命。
在颅压增高时会出现剧烈的头痛、视神经乳头水肿以及视力的丧失，还会发生局灶性的癫痫发作。全面性的癫痫发作以及局灶性的神经功能障碍，病人出现意识模糊、意识改变和昏迷。在诊断脑血栓之后应进行积极的抗凝治疗，通常早期、足量、足疗程的抗凝治疗，可以使脑静脉血栓获得较好的预后。