新型冠状病毒核酸检测阴性代表患者未感染新型冠状病毒，但是核酸检测有时受病程以及标本采集和检测试剂的影响，会出现假阴性。如果患者出现了典型的临床症状，而且高度怀疑时，一次阴性不能完全排除，所以要反复多次进行核酸检测。可以检测下呼吸道分泌物，因为下呼吸道分泌物的阳性率要比咽拭子阳性率要高，可以做痰的核酸检测。
如果是阴性，还可以借助于新型冠状病毒特异性抗体IgM和IgG进行辅助检查，但是 IgM和IgG抗体在发病早期阳性率比较低，而且还容易出现假阳性。假阳性可能是试剂本身阳性判断值的原因，或者是体内存在干扰物质，还可能是标本的原因。