咳嗽后腰两侧疼一般来说属于牵引性的咳嗽，也就是说剧烈咳嗽的时候，牵引腰两侧的肌肉而造成腰痛。这种情况下，只要咳嗽逐渐好转，腰两侧的疼痛就能够逐渐减轻。如果在咳嗽好转的过程当中，腰两侧的疼痛并没有逐渐好转，这个时候就应该再进一步查找原因，看看腰两侧的疼痛是否是由于局部的病变或者是局部脏器的病变引起，这个时候可以做腰椎的CT或者是核磁、腹部B超等等。
如果是咳嗽引起来的牵引性腰两侧疼痛，一般来说治疗咳嗽就可以了。引起咳嗽的原因，常见的有感染性的因素或者是理化因素刺激。如果是感染性因素，要对不同的病原微生物进行治疗。病毒感染可以给予抗病毒治疗，细菌感染可以给予抗生素抗感染治疗。如果是理化因素刺激引起，离开这种理化因素刺激的环境，咳嗽就能够逐渐好转。