新生儿先天性甲减通常可以使用药物来进行临床缓解，让甲状腺功能恢复到正常，但是难以治愈。因为导致先天性甲减通常会有些甲状腺的病理状态，如甲状腺等先天性缺失、先天性的甲状腺体积减小，这些因素通常很难进行纠正和逆转，所以这些因素导致的先天性甲减通常需要终身使用左甲状腺素钠，进行患儿的治疗。
在治疗的过程中早期用量一定要足，然后随着孩子增长，一定要监测甲状腺功能的情况，根据甲状腺功能及时调整药物剂量。虽然病情并不能够治愈，并不能够断根，但是使用左甲状腺素进行替代治疗以后，新生儿可以得到正常甲状腺功能的恢复，也并不影响后期神经系统发育以及骨骼发育方面出现障碍，所以不要过度担心。