厌氧菌感染是指由各种厌氧菌引起的人体组织和器官的感染，属于感染性疾病。由于感染部位不同，临床表现也各不同，比较常见的有：
一、女性生殖道和盆腔感染，女性生殖道感染首先可导致白带呈灰黄色或黄绿色，有腥臭味，其次为外阴瘙痒、性绞痛，感染尿道时可出现尿频、尿急、尿痛，盆腔感染可引起低烧、小腹坠痛、腰骶部酸痛等，可继发不孕。
二、尿路感染，尿路远端、会阴、阴道和外生殖器可有厌氧菌的寄殖，且容易进入膀胱，但很少引起尿路感染，如果伴有尿路感染的症状，可有寒战、发热、乏力、尿频、尿急、尿痛、肾区叩击痛等症状。
三、骨和关节的感染，易发生于糖尿病患者，厌氧菌感染全身症状较轻，有半数患者有恶臭的分泌物，亦可有坏死组织脱落、软组织积气和脓肿形成等，可引起关节僵硬、关节功能残废、久治不愈的瘘管、长期低热、关节疼痛等症状。此外，还有中枢神经系统感染、呼吸系统感染以及肠道感染等。