慢性结肠炎包括不同的疾病，所以症状是有所不同的。如果只是单纯的肠功能紊乱，也就是肠易激综合征的患者，其症状主要是腹痛，伴有大便习惯的改变，可以是腹泻，也可以是不规则的腹泻与便秘相交替，但往往大便里没有脓血。治疗往往都是对症治疗，比如腹痛严重时可以给匹维溴铵解痉处理，腹泻严重时给予给轻度的止泻药，比如蒙脱石散等，肠道的微生态制剂对该类的疾病也是有帮助的。
如果慢性结肠炎指的是溃疡性结肠炎，是反复发作的疾病，症状是腹泻、黏液脓血便，而且是反复发作。患者的治疗往往是需要长期治疗，根据病情的轻重不同所采用的药物不同，轻度患者可以选用美沙拉嗪，重度的患者甚至需要糖皮质激素的诱导，甚至用免疫抑制剂或者是生物制剂。一旦病情好转还需要长期的美沙拉嗪的维持治疗，而且治疗的时间要3-5年，有些患者甚至需要终身服药。