松果体囊肿手术风险较大，创伤较大，因为松果体区属于脑的中央深部位置，此部位的血管、神经以及重要脑组织密集，手术有可能会产生严重的并发症，造成患者眼球活动障碍，复视，术中大出血，术后的偏瘫甚至昏迷、死亡等可能。
松果体囊肿不会轻易手术，除非囊肿引起了梗阻性脑积水，导致患者出现头痛、恶心、呕吐甚至昏迷等症状时才需要进行手术。手术通常采取开颅囊肿切除术，经枕下小脑幕入路囊肿切除术，术中注意保护囊肿周围的大脑大静脉等重要结构。