氟康唑氯化钠注射液主要用于深部真菌病的治疗，氟康唑属于唑类的抗真菌药物，唑类抗真菌药物抗菌谱比较广，尤其是对于念珠菌感染作用优于好多其它抗真菌的药物。
氟康唑氯化钠注射液主要用于系统念珠菌感染或者是黏膜念珠菌的感染，比如念珠菌性菌血症，多个系统的念珠菌感染或者呼吸道黏膜、消化道黏膜的念珠菌感染。除此之外，还可以用于隐球菌病的治疗，所以氟康唑氯化钠主要用于念珠菌和隐球菌的深部感染。