人流是个小手术，一般危害不大。但是如果术中出现子宫穿孔，术后出现残留、盆腔炎、子宫内膜损伤等手术并发症，危害就较大，常常影响今后的生育功能。
术中穿孔非常少见，一旦发生就形成瘢痕子宫，再次妊娠时有时会增加子宫破裂的风险。即使没有穿孔有时也会造成子宫内膜损伤，严重者会产生宫腔粘连，影响生育。如果有术后残留，常常表现为术后持续出血，B超可以明确诊断，对于残留一般需要再次清宫手术，会加重子宫内膜的损伤。
术后盆腔炎更危险，如果术后出现发热、腹痛，查体子宫压痛、双附件增厚压痛，考虑术后盆腔炎感染，要给予大剂量抗生素抗感染治疗，一旦感染迁延不愈转为慢性，常常导致输卵管阻塞，继发不孕。