眼睛周围长疣可以通过口服、外用的方式进行治疗，药物可以口服匹多莫德口服液或者香菇菌多糖片等免疫调节类的药物。也可以口服中药汤剂，成分主要为板蓝根、大青叶、紫草、红花、赤芍、木贼、香附，煎水口服200ml，日两次。在外用药的选择上可以外用咪喹莫特软膏，或者是重组人干扰素α-2b软膏。在上述治疗的期间需要忌酒，忌食辛辣刺激性饮食。尤其不能够用手挤破疣体，以免引起疣体的扩散或者继发相应的感染。除了上述治疗之外，冷冻或者电离子也可以治疗，但是要注意不要伤害到眼睛。