非淋菌性尿道炎是由于不洁的性接触感染了支原体、衣原体引起的，在用药之前最好先做一下尿道分泌物的培养，明确具体致病微生物的种类和药物敏感性以后再选择抗生素。
通常是选择美满霉素胶囊、阿奇霉素片、左氧氟沙星片、呋喃妥因片、磺胺嘧啶片持续口服治疗2-3周，基本清除尿道当中的支原体、衣原体，非淋菌性尿道炎才能基本治愈。
在口服抗生素的期间，也同时可以口服一些清热利湿、通淋利尿的中成药，比如三金片、热淋清胶囊、八正胶囊也有很好的辅助治疗作用。
由于非淋菌性尿道炎是通过性接触传播的，所以在没有完全治愈之前不能发生性行为，也要避免辛辣、刺激的饮食，不要喝酒，少吃海鲜，这样非淋菌性尿道炎才不容易复发。