革兰氏阴性菌感染的治疗一般需要结合患者感染的部位，具体哪一种细菌感染以及病情的严重程度，来综合分析、判断选用哪一种抗菌药物治疗，通常临床可以见于以下几种情况：
1、轻型的革兰氏阴性杆菌的治疗，一般可以应用氟喹诺酮类的药物，比如选择左氧氟沙星，普通的三代头孢，如头孢曲松、头孢哌酮、头孢噻肟等。
2、重型的革兰氏阴性杆菌的治疗，一般选用加用酶抑制剂的药物治疗，比如哌拉西林钠他唑巴坦、头孢哌酮钠舒巴坦钠。
3、如果出现脓毒症、感染中毒性休克，通常需要首选碳青霉烯类的药物，比如亚胺培南、美罗培南，降级为含有酶抑制剂的头孢类药物、青霉素类的药物。
4、如果是中枢神经系统的感染，通常首选三代头孢治疗，一般选用头孢氨噻肟钠、头孢曲松，一般不应用左氧氟沙星等喹诺酮类的药物，因为透过血-脑屏障效果不好。
5、如果是铜绿假单胞菌感染，一般可以首选环丙沙星、头孢他啶、头孢吡肟，或者应用含有酶抑制剂的三代头孢、哌拉西林钠他唑巴坦，也可以应用碳青霉烯类的药物来治疗。