半夜胃不舒服的症状，主要考虑是胃部疾病所引起的，常见病症类型有幽门螺杆菌感染、糜烂性胃炎、胃癌等。
因为胃壁表层黏膜以及内部组织长期受到炎症或者占位性病变影响下，会出现创伤性溃疡的现象，病患处与胃酸液发生接触反应后，会对末梢神经组织造成刺激作用，从而引起患者出现胃脘胀痛、反酸、呕吐、烧心、胸痛等症状反应。
另外，由于半夜阶段人体胃部相对处于空腹状态，胃酸液酸性浓度增强的情况下，会加剧对受损组织的刺激影响，所以就造成不良症状反应愈加明显的情况。但是也不排除患者出现十二指肠溃疡、胰腺炎、胆囊结石等其他病症的可能性。