胚胎质量不好的原因如下：
一、最主要的原因是由于胚胎染色体异常，胚胎或胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因，大概占早期自然流产的50%-60%。染色体异常包括染色体数目的异常，也包括染色体结构的异常。引起染色体异常的原因有很多，如卵子染色体发生异常，卵子结构的异常，就是女性染色体有异常，会导致胚胎质量不好。精子的染色体异常也会引起自然流产，导致胚胎质量不好。
二、有一些传染性疾病也可能会造成胎儿的畸形，比如TORCH感染，包括弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒这四种感染。对孕妇的危害比较小，大多是隐性传染，但是感染以后，如果在怀孕12周之前孕妇感染，90%以上容易引起胎儿感染，导致胎儿畸形。在早期主要是引起胚胎质量不好，最终流产。到了妊娠20周以后容易生出缺陷儿，引起畸形儿。
三、环境因素，比如过多接触放射线、农药，或者含有化学制剂的食物吃得过多，都可能会引起流产，导致胚胎质量不好。