肾囊肿和囊肿内的结石都属于良性的病变，所以良性的病变不需要进行肾脏切除。除非是患者的肾脏已经完全没有功能，已经完全被肾脏囊肿所占据，则此时可以考虑进行肾切除。
但是如果肾脏只要存在功能，就不能进行肾脏切除手术，可以进行囊肿去顶减压手术并结石取出手术。这样保留的正常的肾脏实质，还可以发挥滤过和排毒作用。
如果良性病变切除肾脏，则可给患者的身体健康带来一定的威胁，所以只需要进行肾囊肿手术和结石手术即可，不需要进行肾脏切除。
如果影像学检查已经提示肾脏已经没有正常的功能，这时建议进行分肾功能测定，证实患有疾病侧的肾脏已经完全没有功能才可以切除。否则就不能切除肾脏，只能进行囊肿和结石单纯的手术治疗。