防止尖锐湿疣复发，治疗时最好选择联合治疗，要在医生的医嘱下定期复查，可以配合调节免疫、增强免疫力的药物，并且要足疗程用药，治愈之后也要定期复查，减少尖锐湿疣的复发。尖锐湿疣治疗后非常容易复发，复发常见于治疗后的3-6个月以内，复发之后用同样的治疗应该会有效。目前认为治疗后6个月没有复发，基本上复发的机会就很小。
总体来说尖锐湿疣的预后一般都比较好，虽然治愈后复发率比较高，但通过正确的处理容易达到临床治愈。通过治疗皮损可以改善或消退，以及减少人乳头瘤病毒感染，但是一般不会根除感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣也可能自行消退，也可能保持不变或者增多、增大。