胃镜检查也可以发现幽门螺杆菌感染，胃镜检查主要是一种侵入性的检查方法，在胃镜下采取胃黏膜进行活检检测，主要包括快速尿素酶检测、组织学检查和幽门螺杆菌的培养。
其中，快速尿素酶试验操作起来比较简单，费用也比较低，是侵入性检查方法中的首选。
除此之外，还有非侵入性的幽门螺杆菌检测方法，主要是碳13呼气试验或碳14呼气试验，通过尿素呼气试验，进行幽门螺杆菌的检测，由于其非侵入性，在临床上应用比较广。