氟哌酸属于喹诺酮类的抗生素，是可以用来治疗细菌感染造成的急性肠炎的。
氟哌酸属于比较初级的喹诺酮类药物，副作用相对较大，可以考虑选用更高级一点的，如环丙沙星和左氧氟沙星等等。此外有时候还可能需要同时加用抗厌氧菌的药物，如甲硝唑。
如果不是细菌感染是病毒感染的话，吃抗生素是无效的。病毒感染没有特效的针对病原体的药物，只是对症支持治疗，如止吐、止泻、补充水分和电解质等等。
对于慢性的溃疡性结肠炎这一类的肠病，它不是因为细菌感染所导致的，因此应用氟哌酸治疗是无效的，需要应用5-氨基水杨酸类的药物进行治疗。