肠炎有急性肠炎和慢性肠炎之分，因此治疗时所用的药物也会有所差异。急性肠炎病情比较急、症状比较重，但是治疗效果比较好，临床上常使用益生菌微生物制剂、头孢类药或喹诺酮类的抗炎药物治疗，同时可加上抗厌氧菌类的抗生素，严重的可加蒙脱石散治疗。如果脱水严重或是电解质紊乱，就需要在上述治疗基础上加上补液、纠正电解质紊乱等输液治疗。慢性肠炎分感染性和非感染性两种，持续时间长，症状缠绵。感染性在口服喹诺酮类以及抗厌氧菌类的抗生素的同时，可以给予补充益生菌的药物予以治疗，通过调整菌群失调，使得机体产生抗菌活性物质，而杀灭致病菌。非感染性，则使用调整机体免疫的药物治疗。