阴茎皮肤起水疱很可能是患了生殖器疱疹，主要是由于人类单纯疱疹病毒2型所导致，使用系统性的药物治疗即可，包括抗病毒药物、止痛药物以及局部用药，抗病毒药常用的是阿昔洛韦、泛昔洛韦或者伐昔洛韦，通常是口服治疗即可，疗程由医生来制定。
如果是复发的患者，可以在症状刚刚出现24小时内服用药物。如果是频繁复发，可以改为长期坚持服用，对症治疗，一般使用阿司匹林、布洛芬等等来缓解疱疹引起的疼痛、不适。局部治疗可以加上外用的药膏或者清洗的药物，比如阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦乳膏，清洗一般使用生理盐水，也可以使用硼酸、稀释的高锰酸钾、稀释的碘伏溶液等，这些对皮肤黏膜刺激性比较小。如果有继发的细菌或者真菌感染，也可以配合使用抗生素或者抗真菌的外用药膏。