巧囊在临床中一般指巧克力囊肿，巧克力囊肿的患者一定要定期进行复查。如果巧囊有明显增大，建议尽快进行手术治疗。对于巧克力囊肿的患者容易合并不孕，如果有生育要求，还是建议手术治疗。手术指征是卵巢子宫内膜异位囊肿直径＞4cm，合并不孕、痛经，药物治疗无效，手术是以腹腔镜治疗为主。如果巧囊患者出现腹部剧烈的疼痛，可能是存在巧囊破裂，这时一定要及时到医院来就诊，可能会需要急诊手术来进行巧囊的剔除术。
巧克力囊肿患者比较容易出现粘连的情况，所以对于卵巢组织可能会有一些影响，在术后可能由于卵巢组织的减少，就会出现激素水平降低的表现，要根据具体情况来决定，必要时可以给予激素补充治疗。对于巧克力囊肿的患者，如果在术后尽早要宝宝，对于病情发展也可以起到延缓的作用。