反流性食管炎久治不愈可能有以下三个原因：
第一、反流性食管炎的患者没有进行生活方式的改进，比如经常抽烟、喝酒、喝浓茶，服用某些特殊的药物，尤其是能引起胃酸反流的药物，还有病人过胖、饮食不规律，都可以引起反流性食管炎经久不愈；
第二、药物的因素，药物的因素主要是患者依从性差，是没有按时或者按量服用药物导致食管炎经久不愈，还有一种情况就是病人对治疗的主要的药物质子泵抑制剂有效果差的情况，因为每个人肝脏的代谢酶不同，导致有些人对质子泵抑制剂代谢过快，因此在常规剂量下疗效也不好；
第三、病人可能存在解剖学上的其他的问题，比如食管裂孔疝，还有精神、神经、心理因素也会导致反流性食管炎经久不愈。