奥美拉唑肠溶胶囊属于质子泵抑制剂的一种，其是最早的质子泵抑制剂，功效是抑制胃酸分泌，所以主要是治疗酸相关性胃病。酸相关性胃病可以包括反流性食管炎、糜烂性胃炎，同样也可以包括消化性溃疡，这都是因为胃酸过多引起的疾病。
对于反流性食管炎，建议口服奥美拉唑肠溶胶囊2次/天，早、晚各1次，其疗程推荐的是6-8周。对于糜烂性胃炎建议予饮食为主，烧心、反酸严重时可以服用2周，症状缓解就可以停药。对于消化性溃疡，建议胃溃疡患者服用6-8周，十二指肠球溃疡的治疗时间是4-6周。
长期服用奥美拉唑肠溶胶囊有一定的副作用，其可以长期抑酸，从而刺激胃黏膜，甚至可以诱发胃息肉的出现，也可以诱导胃萎缩。所以，用药都是有一定的疗程，不能长期使用。