每天早上起来两侧后腰部疼痛可以是以下几种原因引起：
第一、腰背肌筋膜炎和腰肌劳损，这两种疾病常是由于腰部的着凉、劳累而导致，在腰活动一会之后腰痛就能有所好转，这时要早期查体和检查，排除其他疾病来诊断和早期治疗。
第二、强直性脊柱炎，强直性脊柱炎可以有晨起之后腰痛的症状，可以伴有晨僵以及骶髂关节处的疼痛，这时要化验血以及检查骶髂关节、腰椎的X线片、CT来诊断和治疗。
第三、类风湿，当类风湿累及了脊柱时，可以有起床之后后腰疼的症状，可以伴有腰椎僵硬，这时要化验血以及检查腰椎的X线片、核磁共振来诊断。