因为房颤的病人栓塞，尤其是脑动脉栓塞发生率较高，因此抗凝治疗是房颤治疗的重要内容。
目前用于非瓣膜性房颤的抗凝治疗有新型口服抗凝剂，如利伐沙班、达比加群、阿哌沙班等，与华法林比较，有不需要常规凝血指标监测、较少受食物或药物的影响、安全性好等特点。
在用华法林及新型口服抗凝剂治疗之前，对于房颤患者需要进行心房颤动、脑卒中危险、CHA2DS2-VASc评分、出血风险评估以及HAS-BLED评分，CHA2DS2-VASc评分≥2分者需要抗凝治疗。房颤患者抗凝治疗前，需要同时进行出血风险的评估，HAS-BLED评分≥3分为高出血风险。