碘-131治疗甲亢之后，一般来说最明显的副作用就是有可能会造成甲减，一部分患者做完碘-131之后，远期可能会得甲减。另外，近期做完碘-131之后，近期有可能会发生什么样的并发症，有可能出现放射性的甲状腺炎。在碘-131之后的7-10天左右，可能会出现放射性甲状腺炎，也有可能会诱发甲亢危象，即甲亢没有得到控制的患者，做完碘-131有可能会诱发甲亢危象。
另外，可能会加重甲状腺相关性突眼，或者说叫甲状腺相关的眼病，或者叫甲亢突眼，可以在做完碘-131后加重。另外，有一部分患者在远期可能会得甲减。