婴幼儿口足手病的症状，临床感染分为五期，具体如下：
第一期，手足口出疹期，主要发热，手、足、口臀、部出现丘疹，伴有咳嗽、流涕、食欲缺乏等症状，部分病例可单纯只有疱疹性咽峡炎。也有没有疱疹的病人，属于手足口病的普通病例，绝大多数病例在此期痊愈。
第二期，神经系统受累期，感染可出现中枢神经的损害，多发生在病程的1-5天以内，表现精神差、嗜睡、易惊、头疼、呕吐、烦躁、肢体抖动、急性肢体无力、根部强直等，脑炎、脑膜炎、脊髓灰质炎综合征。此期为重症病例，大多数病例可以痊愈。
第三期，心肺功能衰竭前期，多发在病程五天以内，表现为心率、呼吸增快、出冷汗、皮肤发花、四肢发凉、血压升高、血糖升高、外周白细胞升高、心脏射血分数可异常。本期属于手足口病重症病例的危重型，及时发现上述表现，并能正确治疗，是降低病死率的关键。
第四期，心肺功能衰竭期，病情持续发展会出现心肺功能衰竭，可能与脑干、脑炎所致神经源性肺水肿、循环功能衰竭有关，多发生在病程五天内，病龄年龄以0-3岁为主。临床表现为心动过速、口呼吸急促、口唇发绀、咳粉红色泡沫痰或血性液体，持续血压降低或者休克。本病例以严重脑功能衰竭为主要表现，肺水肿不明显，出现频繁抽搐、严重意识障碍和中枢性的呼吸循环衰竭，此期病例是手足口病重症病例危重型，病死率较高。
第五期，恢复期，体温逐渐恢复正常，对血管活性、药物的依赖逐渐减少，神经系统受累症状和心肺功能恢复，少数可留有神经系统后遗症状。