三九胃泰和吗丁啉的区别是典型的中药和西药的区别，三九胃泰属于中药，作用更加的辨证，主要是清热燥湿、行气活血、柔肝止痛、消炎止痛、理气健脾，从整体上进行调理，而吗丁啉它作为西药，作用机制明确，就是阻断外周多巴胺的受体，从而起到能够协调胃与十二指肠的运动，从而抑制恶心、呕吐的发生，从而有效地防止胆汁的反流，而不影响胃液的分泌。
另外，从不良反应上面来看，三九胃泰作为中药它的不良反应仍然尚不明确，而吗丁啉它的不良反应是明确的，有过临床试验证实可能会引起心血管方面的问题，所以用药的时候要引起注意。中药的使用还要注意饮食的禁忌，比如服用三九胃泰不能吃油腻、生冷、难以消化的食物，而且服药期间的情绪也很重要，不能够情绪激动、不能够生闷气，同时要注意不是所有有消化道症状的人都适合吃三九胃泰，对于胃寒的患者是谨慎使用的，但吗丁啉则没有这个要求。