支气管镜和肺穿刺是完全不同的操作，都用于明确肺部占位性病变是最常见和最可靠的手段。支气管镜主要通过气管发现气管内病变，并可以活检病理诊断，主要适用于靠近肺门中央型病变，外周病变不易探及。
肺穿刺是通过彩超或CT引导下经皮肺穿刺，主要用于肺外周表现的病灶活检病理诊断，另外它俩都属于微创操作其并发症也有不同。肺穿刺最常见的是气胸、血胸的并发症，而支气管镜的气胸、血胸发生率较低，其并发症发生率也较肺穿刺小而安全。
总之支气管镜和肺穿刺虽然有区别，但临床上为了明确肺部病变的性质常两者联合应用，通常先行支气管镜检查，未能明确诊断时再视情况行肺穿刺活检。