自体脂肪填充的危害主要是形态问题，求美者要知道进行自体脂肪填充并不是将脂肪填进去就可以达到美观效果，要在填充的过程中考虑到所有填充部位和周围组织的美学标准，这样才会使填充之后达到很好的效果。还有就是填充过程中要保持无菌的观念，防止细菌污染到脂肪，一旦出现污染就会导致脂肪液化、感染的风险，会出现填充位置流脓、淌水，甚至留下非常明显的凹陷和瘢痕的问题。
另外，在脂肪填充之后，很多求美者会摸着填充的位置有硬块形成，早期硬块比较容易自行吸收掉，但是如果硬块超过两个月左右没有吸收，就会一直保持，建议及时回医院让医生对硬块进行处理，防止影响手感和外观。