睡眠时出现呼吸困难，常常是一些慢性的心肺疾病引起来的，比如支气管哮喘往往会夜间发作，出现呼吸困难，还有慢性阻塞性肺疾病、肺功能减退等等。
此外，肺间质纤维化在夜间平躺的时候，会导致肺负担增重、迷走神经兴奋，引起气道痉挛，都可能会引起夜间睡眠呼吸困难。
此外，还有一个病叫睡眠呼吸暂停低通气综合征，往往以打鼾、肥胖的患者夜间很容易出现呼吸道、上气道狭窄，甚至可以出现上气道关闭，形成呼吸暂停，并出现严重的缺氧。这种情况下会出现呼吸困难，严重的患者可以憋醒并出现生物钟的紊乱。
此外，鼻腔内一些疾病，如鼻息肉、急慢性鼻炎、鼻中隔偏曲、鼻甲肥大，都可能会引起夜间呼吸困难。
此外，慢性的一些心脏病、先天性的心脏病，还有一些慢性心功能不全，如心包炎等，心脏平躺的时候，尤其在睡眠中可引起肺部淤血，心脏的负担加重而引起夜间呼吸困难。