早晨起来肾疼需要区分不同的情况，因为肾痛往往是由于肾脏本身的病变造成，但是由于某些人肾脏的疼痛和肾虚的疼痛无法区分，所以需要鉴别不同的位置，具体如下：
一、如果是皮肤出现夜间的蚊虫叮咬，可以出现肾区的疼痛，从外观上可以进行鉴别诊断，外用药物就可以解决这个问题。
二、如果是由于夜间姿势、睡觉不适，或者床铺过软或过硬造成的，有可能造成了腰肌劳损，活动后外用膏药，或者口服药物以后可以得到缓解。腰椎病变往往是椎间盘突出和骨质增生，当睡觉的时候床铺过硬或者过软的时候，骨质增生或椎间盘突出可能加重，从而出现腰部疼痛的感觉，需要做相应的检查来进行鉴别诊断，应用药物可以缓解这种情况。
排除以上的情况，就是肾脏本身出现了病变，感染、结石、肿瘤、积水或者占位的情况，有可能造成肾脏的疼痛。针对不同的原因采取不同的措施，才能解决问题。