肛门内有疼痛等异物感，大多是和肛周的疾病有明显的关系，比如肛裂、痔疮，尤其是血栓性痔以及肿瘤性疾病。对于肛裂，常常会伴有肛周明显疼痛，即便是排便以后疼痛仍然存在，患者常常会伴有便秘，而便秘会加重肛瘘疼痛，使便秘进一步加重。
为了减少肛裂引起的相关症状，可以通过饮食控制，保持大便通畅，并积极予以溃疡切除，才能加快感染性病灶的控制。如果肛内的扎痛是由肛瘘、肛周脓肿等炎症性疾病造成，必要的切开引流是治疗或加快感染病灶控制的重要手段。