不长个子的原因比较复杂，主要包括正常生长变异和病理性身材矮小两大类。正常生长变异又包括由遗传引起的家族性矮小、体质性生长延迟，还有正常发育中的变异，像特发性矮身材，以及生长发育迟缓、小于胎龄儿等。
病理性身材矮小则包括生长激素缺乏，生长激素缺乏也是最常见的导致矮小症的原因。营养不良、慢性疾病、胃肠道疾病，还有其他的慢性疾病和遗传代谢性疾病，像特纳综合征、普拉德-威利综合征，均可以导致矮小、性早熟，以及使用糖皮质激素进行治疗的儿童，也容易出现矮小。