结石治疗方案以结石大小、结石部位，以及引起的症状而定。如果结石直径＜5mm，则考虑多喝水、勤排尿、多运动，可以辅助使用排石药物保守治疗。当结石直径＞46mm，自行排出的可能性就不大了。若结石位于肾脏，不引起肾积水，可以观察。若引起肾积水，则考虑经皮肾镜，或者输尿管软镜激光碎石取石手术。
若结石位于输尿管，则考虑输尿管镜激光碎石取石手术。若结石位于膀胱，则往往同前列腺增生有关系。在膀胱镜下激光碎石的同时，最好做经尿道前列腺电切或前列腺切除手术。结石位于尿道，往往会造成急性尿潴留的发生，就需要急诊行尿道的结石激光碎石术。