脚扭伤半夜特别疼痛是由痛觉感受的特点决定，痛觉的低位中枢在脊髓的后角，在大脑皮层兴奋的时候对脊髓的后角有抑制作用，所以痛觉传到初级中枢的时候感受并不是那么明显。当夜晚的时候，大脑皮层处于相对抑制状态，脊髓后角的痛觉初级感受中枢缺少大脑的抑制，反而呈现一种相对兴奋的状态，造成痛觉更加敏感，所以脚扭伤半夜特别疼，在很多的疾病中都会出现痛觉的感觉在夜间加重。
由于夜晚气温比较低或者屋里面温度比较低，对受伤的肢体覆盖不好，导致脚踝局部的血管收缩，从而出现血液循环更差的情况，导致脚扭伤的症状加重，也会出现半夜特别疼痛的现象。