如果男性的阴茎根部出现疼痛的症状，可能有以下几个情况：
第一、如果阴茎在疲软的状态下感到疼痛，一般是由于尿道、膀胱以及前列腺的感染、炎症或者是结石等疾病造成，比如尿道炎，患者的症状表现为排尿的时候或排尿结束的时候，出现阴茎内疼痛的症状，同时伴有尿频、尿急、尿痛。如果是尿道结石，表现为阴茎部疼痛、排尿困难、血尿等症状。如果是前列腺炎，表现为会阴部、下腹部、腹股沟部、阴茎以及阴囊的坠胀、隐痛等症状，同时伴有尿频、尿急、尿痛等下尿路症状。
第二、阴茎在勃起的时候感到疼痛，一般是由于阴茎海绵体硬结症、尿道下裂、阴茎异常勃起或者是阴茎的外伤、炎症等原因造成。