龟头上有红色的小痘痘伴有疼痛，则可能的原因：第一、细菌性的龟头炎，需要进行细菌涂片确诊后，外涂百多邦软膏，少许，每日3次，或者使用红霉素软膏，少许，每日3次，并使用高锰酸钾溶液稀释以后进行局部的清洗，清洗完毕，保持局部干燥。第二、真菌性龟头炎可以出现上述症状，需要使用碳酸氢钠溶液进行清洗。清洗完后，外涂咪康唑软膏进行治疗，每次少许，每日3次，连续使用一周。第三、滴虫感染，建议使用甲硝唑溶液进行局部的冲洗。冲洗完毕，保持干燥，口服甲硝唑片，1片，每日3次，连续口服一周。第四、尖锐湿疣，可使用激光或者冷冻进行烧灼去除，或者进行局部的切除。病理检查确诊后，外涂干扰素凝胶，少许，每日3次，连续使用一周。