睡觉起来头疼通常是如下几个因素：
1、最常见的因素是感冒的初期和前驱症状，在感冒前期体内被病毒和细菌侵袭时，身体会出现炎症因子，例如缓激肽、白三烯、组胺、前列环素等，会导致神经末梢的疼痛，出现头疼的临床症状和表现。
2、在睡觉起来头疼通常还因为脑供血不全等疾病的出现，在睡眠时如果出现短暂性脑血管供血不足时，睡醒时分就会出现头疼、头晕的临床症状和表现。
3、颅内压增高的疾病，例如高血压或者肺动脉高压而导致过性颅内压增高，也会出现睡觉起来头疼的临床症状和表现。