引起人类疾病的病原体有好几种，最为多见的就是肺炎衣原体、沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体，这三种不同的衣原体所导致的疾病表现各不相同。肺炎衣原体所导致的主要是呼吸道的病变，可以表现为发烧、咽痛、咳嗽，比较重的病例还可以合并胸腔积液、心内膜炎、心肌炎、肝炎、脑膜炎等等。
而沙眼衣原体引起的临床类型就更复杂一些，可以表现为沙眼，在急性感染的时候主要是流眼泪的增多、眼睛分泌物的增多、结膜的充血、滤泡的形成。慢性的沙眼主要是表现为眼部的瘙痒、异物感，以及结膜滤泡的形成。沙眼衣原体还可引起泌尿生殖系统的感染，以及性病淋巴肉芽肿。而鹦鹉热衣原体最为多见的表现是肺炎的表现，另外也可以是发热、败血症的表现。