对于甲状腺多发胶质囊肿是否会发生恶变，要依据囊肿的具体变化进行客观分析。如果在甲状腺胶质囊肿复查的过程中发现胶质囊肿体积逐渐增大，周边伴有明显的血流信号，囊肿内伴有针尖样钙化，且囊肿纵横比明显大于一，这种情况下甲状腺胶质囊肿可能会发生癌变。建议患者尽快行手术切除病变囊肿，必要时术后结合碘-131放疗，避免肿瘤细胞的反复发作。在复查甲状腺多发胶质囊肿的过程中，如果囊肿体积没有明显的变化，囊肿没有出现明显的钙化灶、血流信号以及纵横比大于一的恶性肿瘤的征象，这种情况下甲状腺多发胶质囊肿不会发生癌变。