核磁共振和CT都是常用的影像学检查手段，主要区别在于磁共振是通过磁场成像，CT是通过X放射线成像。
磁共振和CT在对疾病的鉴别诊断上各有优劣，其中CT做得较为迅速，10分钟左右就能完成检查，常用于急性脑血管病的筛查，能够发现刚发生的脑出血或发病48小时以后面积较大的脑梗死，但是对于炎症免疫性疾病的鉴别，CT则没有明显的优点。
磁共振检查更为清晰，患者如果是脑炎、多发性硬化症或者颅内无法明确的占位性疾病，则推荐磁共振检查，一般耗时较长，需要半个小时左右，但是能够清楚的发现病灶，并且在发病48小时以内的脑梗死，也能在磁共振上的弥散相清晰显示出来。