非典型肺炎名称由来已久，过去医学检查方法有限，对于临床表现不像细菌性肺炎明显的肺炎，都归类于非典型肺炎。后来在非典型肺炎中发现还有由肺炎支原体、肺炎衣原体、军团菌感染和呼吸道病毒引起的感染，因此非典型肺炎包括一大类肺炎。对于军团菌引起的肺炎，可以有寒战、高热、咳嗽、咳痰、咯血、胸痛、乏力、肌痛等，还可以有腹痛、腹泻的消化道症状，病情重时出现谵妄和呼吸衰竭。
支原体或者衣原体引起的肺炎，呼吸道症状比较轻，咳嗽为突出的表现，常常是干咳，可以有少量白痰，有低热或者不发热。呼吸道病毒引起的非典型肺炎，也是以咳嗽、咳痰为主，出现胸痛、气促，可以发热或者不发热。根据呼吸道病毒的不同，其症状也略有区别。目前更多的是按照找出的病原体，进行具体分类治疗。