溃疡性结肠炎的治疗方案不是千篇一律的，要根据病变的程度、病变的范围等等制定个体化的治疗方案。溃疡性结肠炎分为轻度、中度和重度，一般对于轻到中度的溃疡性结肠炎，最基本、最主要、最常用的药物就是美沙拉嗪。如果病变的范围仅仅局限在直肠称之为溃疡性直肠炎，溃疡性直肠炎应用美沙拉嗪栓剂效果就很好。如果病变继续延伸累及了乙状结肠，甚至部分降结肠，最好选择美沙拉嗪灌肠液。如果病变范围累及全结肠，最好的选择用药是口服美沙拉嗪，联合局部制剂同时使用效果才能够最好。
对于中到重度的溃疡性结肠炎患者，单用美沙拉嗪效果有限，可以考虑升级加用糖皮质激素，激素见效以后可以缓慢减量，最终还是用美沙拉嗪进行维持治疗。有一部分重度溃疡性结肠炎患者激素无效或者激素依赖，则可以考虑再次升级，加用免疫抑制剂甚至应用生物制剂进行治疗，目前常用的生物制剂包括英夫利西单抗和阿达木单抗。如果生物制剂挽救治疗失败，还可以考虑行手术治疗也就是全结直肠切除术。
除了药物和手术治疗之外，患者的饮食对于病情的发展也有很重要的关系，因此加强饮食管理非常重要。另外还有一部分溃疡性结肠炎患者伴有不同程度的焦虑和抑郁，必要的时候可以考虑加用抗焦虑药物辅助治疗。
